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ヘリコバクター・ピロリ菌は除菌治療ですべて消失するのでしょうか？
非常に鋭いご指摘です。
2000年11月に除菌治療が保険診療で可能となった時点では、胃潰瘍の85％の患者さん、十二指腸潰瘍の90％の患者さんで、菌が消失していました。潰瘍の再発予防に非常に効果があり、潰瘍の患者さんは激減すると言われていました。
しかし、実際はそうならなかったのは、ピロリ菌の中に、抗生物質（特にクラリスロマイシン）に対して耐性をもつものが多数出現するようになり、従来の除菌治療（1次除菌と言います）では、効果のない患者さんを数多くみかけます。そのため、1次除菌で効果の無かった患者さんに対して、抗生物質の内容を一部変えた除菌治療（2次除菌と言います）が保険の適応となりました。
これにより、全体的には、胃潰瘍の患者さんの80％弱、十二指腸潰瘍の患者さんの85％弱で菌が消失しています。現在除菌率を限りなく100％に近づける研究が、鋭意、研究者の間で行われています。
